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本发明公开了一种基于微纳米孔网集成结构的纳米孔检测系统，包括电解质溶液腔室、设置于电解质溶液腔室内部的微纳米孔网集成结构和电流检测系统；微纳米孔网集成结构包括设置有纳米孔的纳米孔层薄膜和设置有微纳米网格的网格层薄膜；电流检测系统设置于电解质溶液的上和下腔室内。本发明提供的纳米孔检测系统充分利用半导体集成工艺的优势将微纳米网格结构和纳米孔贯通连接集成在一起，符合长链状聚合物测序技术小型化、集成化的发展趋势；将长链状聚合物线性化，使其在进入纳米孔前尽量伸展，解开长链状聚合物的缠绕状态，减少其通过纳米孔的熵势垒，避免其阻塞纳米孔的现象，可有效提高纳米孔检测长链状聚合物的可靠性。